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普通單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組

技術(shù)簡(jiǎn)介

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（Single cell RNA sequencing）基于Illumina測(cè)序平臺(tái)，通過(guò)研究某個(gè)物種在特定狀態(tài)或者特定時(shí)期下單個(gè)細(xì)胞的mRNA，針對(duì)實(shí)際樣品信息采用靈活的差異分析策略可以找到生物體不同狀態(tài)單個(gè)細(xì)胞差異表達(dá)的mRNA，再通過(guò)軟件進(jìn)行功能注釋?zhuān)罱K可以得到單細(xì)胞在生物體中參與生命活動(dòng)的清晰生物信息圖譜。

技術(shù)路線

送樣建議

 1、新鮮組織分離單細(xì)胞，并保證細(xì)胞活性和形態(tài)完整，不要損傷細(xì)胞。

 2、分離的單細(xì)胞放入公司提供的裂解液中，每管裂解液用量為4ul，放入細(xì)胞時(shí)帶入緩沖液體積不要超過(guò)1ul。

 3、細(xì)胞數(shù)量：1-1000個(gè)細(xì)胞，重復(fù)單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)不少于5個(gè)。

 4、加入裂解液的單細(xì)胞盡快-80℃保存，避免反復(fù)凍融。

 技術(shù)參數(shù)

 案例分析

單細(xì)胞RNA-seq分析揭示了擬南芥雌配子體倍性依賴(lài)和細(xì)胞特異性轉(zhuǎn)錄組的變化[1]

研究背景

多倍體通常會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞或生物體大小的增加，影響轉(zhuǎn)錄物的豐度或轉(zhuǎn)錄組的大小，但多倍體與轉(zhuǎn)錄組變化之間的關(guān)系仍不清楚。且植物細(xì)胞經(jīng)常進(jìn)行內(nèi)復(fù)制，混淆多倍體效應(yīng)。

研究目的

選擇發(fā)育穩(wěn)定且無(wú)內(nèi)復(fù)制的雌配子細(xì)胞，利用擬南芥四倍體系和等基因二倍體的單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq），研究多倍體對(duì)基因表達(dá)變化絕對(duì)水平的影響。

圖1. scRNA-seq分析揭示雌配子的基因表達(dá)模式

研究結(jié)果

與二倍體相比，四倍體植物中單個(gè)細(xì)胞（中央細(xì)胞、助細(xì)胞和卵細(xì)胞）的轉(zhuǎn)錄組豐度加倍，且與它們的細(xì)胞大小變化一致，而變化的程度與細(xì)胞大小的關(guān)系取決于細(xì)胞類(lèi)型。這些scRNA序列資源沒(méi)有交叉污染，對(duì)促進(jìn)植物雜交、生殖生物學(xué)和多倍體基因組學(xué)具有獨(dú)特的價(jià)值。

參考文獻(xiàn)

[1]. Qingxin Song, Atsumi Ando, Ning Jiang, et al. Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes[J]. Genome Biology, 2020, 21:178.